R>после компиляции проекта у меня присутствуют файлы
R>myfltr.cat
R>myfltr.inf
R>myfltr.sys
...
R>Собственно вопрос как правильно установить мини фильтр, как его запустить и как увидеть активность этого фильтра?

Устанавливать inf-файлом (за эталонный можно взять %DDK_PATH%\src\filesys\miniFilter\minispy\minispy.inf), а стартовать "sc start <...>"
Если в inf-файле указать "StartType = 1 ; SERVICE_SYSTEM_START", то фильтр будет сам стартовать при запуске машины (после перезагрузки).