как и рекомендовал MS храню настройки в Registry,
но в последнее время пошла тема стирания этих данных всякими "оптимизаторами",
в следствии чего возник вопрос, что надо что то менять, как вариант перейти на INI файл, или простой текстовый,
что можете подсказать по этому поводу?

MS уже давно перекрестилось и советует не хранить настройки в реестре (по возможности). На практике же используйте локальный профиль "(Local AppData)\YourApp\", а там уже xml, ini (whatever you want).