Здравствуйте Igor_Pavlov, вы писали:

IP>У меня есть окно Main. И два других окна W1 и W2 которые образованы с hWndParent=MainHandle;
IP>Так вот проблема. Если активное окно было не Main и приложение потеряло Active то при восстановлении Active показывается то окно на котором стоял Active. Если же Main был последним активным оконом то показываются все окна. Как быть?

Точно не уверен, но может у тебя при создании окон не был включен флаг WS_OVERLAPPEDWINDOW???