Здравствуйте DDG, Вы писали:

DDG>Единственная проблема. Как сделать так, чтобы этот какой-нибудь Exe-шник исчез с HDD после манипуляций с моим основным Exe-шником.

Если пойдет то можно удалить его во время старта с помошью MoveFileEx с ключом DELAY_UNTIL_REBOOT. Но это только для NT линейки.
Другой вариант почти был написан "пишет в твой и запускает тебя вновь" Что теперь мешает удалить какой-нибудь из твоего?
Либо помутить чего-нибудь с .bat файлами — они себя удаляют без проблем.