B>подскажите в чем может быть проблема ?
Слишком много десктопов понасоздавали наверное. На практике после создания 3..6 десктопов с дефолтовым размером хипа новые не создаются пока не закроешь все старые ненужные десктопы — пока не прибьешь все апликухи, работающие на них. Причем самое интересное что винды начиная с висты заимели привычку запускать ctfmon.exe или чтото вроде этого на новосозданных десктопах, и пока их не покиляешь — десктоп не закроется и ресурсы с ним связанные не освободяцца

B>и по концепту как думаете правильное направление выбрал ?
Будут грабли. Если вы думаете что апликуха на неактивном десктопе позовет GetForegrounndWindow и получит некое (свое) окно — сильно ошибатесь