V>1) "Да" — если судить по ID потока. Хотя допускаю, что ID может быть использован повторно другим потоком. Впрочем, я смотрел — THREAD_DETACH для потока не приходит (по крайней мере, между вызовами TlsSetValue и TlsGetValue). Получается, что изначальный поток "жестко" убивают, а его ID "быстренько" начинает юзать какой-то новый поток? Это уж совсем как-то криво... 
V>Хотя приложение чужое, поэтому тонкости его работы, увы, сообщить не могу...
Дебажить надо, таких проблем с TLS сроду не видел.
