I>>.cpp:
I>> #pragma data_seg(".shared")
I>> HINSTANCE hInst = 0; << здесь ошибка
I>> HHOOK hHook = 0;
I>> HWND TargetWnd = 0;
I>> #pragma data_seg()
I>> #pragma comment(linker, "/section:.shared,rws")

S>hInst для каждой копии хуковой длл-ны должен быть свой, а ты переменную в шаред-сегмент запихал.
S>Просто объяви её вне этого сегмента как обычную глобальную переменную...

Но как в данном случае это влияет на SetWindowsHookEx? Тут явно что то еще..