Суть проблемы:
Служба подгружает dll (явная загрузка), в которой находятся фунцкии обработки информации с USB устройства.
В свою очередь эта DLL подгружает библиотеку поставщика (неявная загрузка) функций работы с устройством.
Все библиотеки при выполнении службы подгружаются.
Консольная программа, выполняющее те же фунцкии по работе с устройством, работает.