Покажите, как Вы делаете и что за команда нужна? ShellExecute должна работать.

HINSTANCE ShellExecute(      
    HWND hwnd,            // NULL
    LPCTSTR lpOperation,  // строка "open"
    LPCTSTR lpFile,       // строка "cmd.exe"
    LPCTSTR lpParameters, // здесь впишите остальную часть командной строки (Вашу команду)
    LPCTSTR lpDirectory,  // NULL
    INT nShowCmd          // флаг с префиксом SW_: SW_HIDE, SW_SHOWNORMAL или др.
);