_>При вызове функции WaitForSingleObject (или других Wait...) с минимальной задержкой 1мс, возврат происходит через ~15мс.
_>Запоминается время до вызова и считывается после.

Прежде всего, проверь хендл, на котором ждёшь. Он должен быть в сигнальном состоянии. Если это так, то твои замеры — чушь собачья, потому что поток может быть прерван в любое время, и его приоритет тут не всегда влияет. Пройдись отладчиком и убедись, что функция WaitForSingleObject(hHandle, 1) возвращается почти моментально. Если это реально не так, значит что-то не то с хендлом.