Не надо удалять иконку из трея при показе окна — жутко бесит, когда иконки там перетасовываются.
Еще не помешало бы написать про сообщение "TaskbarCreated", которое винда рассылает после того, как explorer грохнулся и был создан по новой. Очень противно, если приложение это сообщение не обрабатывает и не добавляет иконку в трей по-новой.