Здравствуйте, ДмитрийК, Вы писали:

D>>А на каких windows station и desktop он запускается?
А на этот вопрос ответа нет?

D>>Попробуй в структуре STARTUPINFO явно задать "WinSta0\Default"
ДК>Я по описанию lpDesktop не понял, что это такое, но установка его в "WinSta0\Default" привела к тому, что теперь всегда программа невидна.
подозреваю что ты написал

lpDesktop = _T("WinSta0\Default")

если нет, то без кода сложно еще что-то предположить