MS>На самом деле этот вопрос меня уже добивает своей тупостью и безисходностью. Нигде нет справки по тому как управлять цветом в стандартных элементах управления, например check box(button со стилем bs_Autocheckbox)
MS>Окно у меня серое, а элемент управления белый, и никак иначе. что делать?

Это же понятно, все эти чекбоксы, радиокнопки, стрелки и т.д. — это битмапы. Поэтому создавай свой контрол или можно попробывать стиль TRANSPARENT.