S> Нет, если всё время делать флаг LOAD_LIBRARY_AS_DATAFILE, то хэндлы будут разные, а если хоть один раз загрузить без этого, то остальные будут возвращать этот хэндл. Но проблема, что нельзя будет импортировать функции из этой dll. Так что систему не обманешь.
Вроде уже был не плохой совет: перед использованием библиотеки ее копировать с новым именем (случайное, неповторяющееся), а после закрытия удалять эту копию.