Спасибо Алекс за помощь!
Возникла такая проблема, при предоставлении прав на файл наследуются некоторые права от родительского объекта, и поэтому кроме SYSTEM появляется ещё куча разрешений. В функцию BuildExplicitAccessWithName передаётся флаг NO_INHERITANCE, но наследование всё равно происходит. Файл создаётся через CreateFile в которую передаётся SECURITY_ATTRIBUTES поле bInheritHandle которой равно FALSE. Вроде наследование прав везде отключено. Кто знает что делать?