Первое, что приходит в голову — варварский способ: загрузчик программы, который внедряет библиотеку в адресное пространство программы. Библиотека будет ставить хук... В общем обычный перехват API. Над деталями стоит подумать. Если конечно ничего больше придумано не будет
Второй вариант — модификация бинарника программы — более сложная и более зверская весчь.
Третий вариант — написать письмо разработчикам