Здравствуйте, dbondar, Вы писали:

Чтобы спрятать окно перед вызовом CreateProcess засетапь правильно STARTUPINFO. После вызова вместо Sleep проюзай WaitForInputIdle.

STARTUPINFO si;
memset(&si,0,sizeof(si));
GetStartupInfo(&si);
si.hStdInput = GetStdHandle(STD_INPUT_HANDLE);

si.dwFlags = STARTF_USESTDHANDLES|STARTF_FORCEONFEEDBACK|STARTF_USESHOWWINDOW; // учитывать значение si.wShowWindow
si.wShowWindow = SW_HIDE; // не показывать окно

CreateProcess(NULL, "c:\\windows\\system32\\cmd.exe", NULL, NULL, TRUE, CREATE_NEW_CONSOLE, NULL, NULL, &si, &pi);
WaitForInputIdle(pi.hProcess, INFINITE);