Здравствуйте, Unexpected, Вы писали:

Может SetShellWindow(HWND) (shell32.dll ее использует)?

Еще есть SetShellWindowEx, RegisterShellHookWindow, DeregisterShellHookWindow из похожего.

Описание первых на гугле ищется, про вторые — тут:
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/winui/WinUI/WindowsUserInterface/Windowing/Hooks/HookReference/HookFunctions/RegisterShellHookWindow.asp, там же,кстати, внизу и флаг, когда окно создается, имеется.