Уф. День потратил на решение проблемы. Буду краток.
Решается это так.
1. Стандартным образом, с использованием unnaped pipes, делается перенаправление консоли консольного приложения.
2. Ожидается запуск консольного приложения и создание его консольного окна.
3. Отыскивается хэндел консольного окна hWnd=FindWindow("ConsoleClassWindow","c:\\MyApp.exe")
4. Перед посылкой в консоль очередного символа через unnaped pipe посылаем сообщение WM_KEYDOWN консольному окну SendMessage(hWnd,WM_KEYDOWN,wParam,lParam)
5. Все