V>Вообще говоря там же где обычно.
V>Подробности про реестр — http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/win64/win64/registry_redirector.asp
V>Вкратце реестр 64 разрядной windows содержит дополнительные разделы, соответствующие 32 разрядной подсистеме.
V>32 разрядная подсистема только их и видит.
V>Соответственно проблема может быть в том, чем вы это дело смотрите.
V>Попробуйте запускать именно 64-битный regedit указывая полный путь..., а то может вы его стартуете из 32 битной проги которая уже запущена со включенным редирекшеном в папку SysWOW64. Как вам такой вариант?

Самый прикол в том, что я именно так и делал. Более того я сравнил regedit из System32 и SysWOW64 — они одинаковы. Может можно скачать его откуда-нибудь?