Здравствуйте, alik_vs, Вы писали:

_>Окна без родителя. И SetFocus не помогает. Интересно, что когда раньше вместо обычных окон (CreateWindowEx) использовал диалоги (DialogBox) ничего подобного не наблюдальсь.
_>(Похоже, придется перейти к одному циклу выборки сообщений, хотелось бы наверняка знать — поможет ли?)

Может применить стиль WS_EX_APPWINDOW. Если используется одна на несколько окон оконная процедура, надо опасаться — бывает приходят сообщения не с тем HWND в WM_CLOSE например (W2000).