V>Нужно чтобы независимо от пользователя (учетной записи) все действия записывались в один ключ.
V>Impersonate different users, как говорится.

V>Может попробовать через шеловскую функцию SHRegCreateUSKey ? Хотя че-то я сомневаюсь
1) Можеш попробовать запускать программу от имени администратора (отображать окно авторизации админитсратора, далее CreateProcessAsUser)
2) Ище вариант написать малюсенький сервис, работающий под LocalSystem. Сервис будеш запускать вместе с ОС или вручную, а из приложений под залогинившимися пользователями устанавливать связь с сервисом и передавать ей данные для записи в реестр.
3) Писать в файл.