В твоей ситуации я бы посоветовал FindFirstChangeNotification\FindNextChangeNotification\FindCloseChangeNotification
P>Кто-нибудь знает, как вообще перебирает файлы цикл FindFirstFile/FindNextFile, т.е. в какой последовательности ?
Имхо, на FAT перебирает в том порядке, в котором они идут в таблице, т.е. в той самой FAT