Здравствуйте, al, Вы писали:

al>Перебирайте окна текущего пользователя и смотрите какой процесс их создал

Приблизительно так я и сделал.
Спасибо всем за помощь.

Если кому интересно, то алгоритм получился следующий:
1. Получить из реестра имя процесса текущей оболочки ([HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell])
2. Взять окно текущего десктопа (GetDesktopWindows)
3. Пребирать все дочерние окна для десктопа
4. Для каждого дочернего окна получить процесс, породивший его. Если этот процесс совпадает с тем, которое получено в (1), то это и есть процесс оболочки, т.е. то что искал.