> Подскажите, чем процесс отличается от приложения?
>
Процесс — контейнер потоков (и не только), которые и выполняют всю работу, а приложение я для себя воспринимаю, как программу вцелом!!!

> Например, есть окна, у которых id процесса одинаков, а hinstance
> application разный.
>
Ну например одно окно создаётся в WinMain, а второе в DLL'ке!!!

> Активное окно в этом случае относится к приложению или к процессу.
>
Вообще-то к потоку!!!

> Если к приложению, то у процессса может быть два активных окна?
>
А что ты понимаешь под активным окном?