Решил тут попробовать PhpStorm. На Linux Mint. Поставил.
Пытаюсь создать проект из существующих файлов. Сами проекты у меня в /var/www/*.
Почему у PhpStorm какая-то своя /var? Там нет /var/www/, зато там есть /var/data/, которой на самом деле нет у меня.
Как его заставить видеть и использовать мою реальную /var и /var/www/* в частности?

Я сделал mount папки /var/www в домашнюю директорию, и могу создавать проекты там, но возникает необходимость маппинга для дебага и прочие лишние телодвижения.

Отвечу сам: не ставить PhpStorm из встроенного в Mint менеджера программ. Он там идет внутри какой-то обертки, которая по всей видимости зачем-то изолирует/эмулирует файловую систему.