D>Подозреваю, что какое-то RewriteRule надо в .htaccess прописывать, чтобы сначала вызывался скрипт (сайт на PHP), который выводит баннер, а потом нужную страницу. Или может по-другому надо?

Да, выше уровнем пишется что все запросы перенаправляются на php файлик с параметром запроса ....
Но! если там в папке есть динамика (php,perl ...) то придётся чинить GET параметры .... (это я про РНР).

А если статика то всё нормально ....

Пример:

RewriteEngine On
RewriteBase /new/

RewriteRule !^index.php$(.*)    -    [C]
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9\-_/\+\.]+)$ /index.php?гкд=$1