Понял только, что дерево уже не удовлетворяет, саму задачу не понял. Но если задачу озвучить не осмеливаешься, то могу подсказать только общими фразами.
Тебе нужно разделить дерево на отдельные окна. Самый простой вариант — поделить все дерево в соответствии с группировками верхнего уровня. Может быть ещё деление где-нибудь посередине, если сможешь какой-нибудь уровень представить в виде самостоятельных объектов.