Я сегодня компилил ядро с помощью xconfig — чуть изменил дефолтное в дистрибутиве. все ОК. Конфиг ядра которое поставлялось в дистрибутиве я нашел в /boot. Его загрузил, изменил и все.
У меня RH7.3
Может у вас тоже где-то там, в буте?