Здравствуйте, reider, Вы писали:

R>На ней Ubuntu.
R>Подскажите пожалуйста, как программно отключить Bluetooth?
R>Но не вызывая стороннюю утилиту а из кода.

Работать напрямую с железом в случае с Linux/bluetooth
черевато кучей багов, так как часть стека Bluetooth находиться в "user-space".

За user-space часть bluetooth отвечает проект bluez.
Скорее всего на Ubuntu хватит команды systemctl stop bluetooth ,
чтобы Bluetooth перестал работать.

Можно не так радикально, а через D-Bus API
сервиса bluetooth ,
скорее всего всякие виджеты для управления bluetooth пользуются им.