Недавно начал использовать Ubuntu 14 LTS — так вот у некоторого софта свой собственный буфер обмена с дикими ограничениями, типа закрываешь программу -> и текст скопированный в буфер пропадает.

В Windows с такой проблемой никогда не сталкивался. Для меня проблема Линукса — немного странная.