Была похожая штука. Проект на MVC. Компилурую, запускаю — ошибка. По дебагеру добираюсь до места ошибки — падает на new.
Через несколько дней поисков и эксперементов выяснил, что если добавить в начале программы выделение памяти malloc, то ошибка пропадала.
Причем пропадала в отладочном режиме, а в Release полюбому вылезала.
Неделе через две обнаружилось, что у объекта, который создавал по new в конструкторе была ошибка, я там выделял память под массив меньше, чем надо, а потом в него писал.
В результате затирались важные данные. А если этот malloc вызывал, то память по-другому немного выделялась и затирались второстепенные данные, которые к ошибке не приводили.