DAS>Вопросы:

DAS>2) Что делать, когда я хочу отмонтировать флешку, а система говорит, что
DAS>устройство занято? Видимых приложений, которые держат флешку я не вижу.

Видимых приложений может и не быть. Однако могут быть какие-то дочерние процессы shell, работающие
с данным разделом. Проверить можно из-под рута lsof <директория монтирования>. Вообще man lsof многое подскажет.
Вообще коротко эта программа позволяет найти данных об открытых файловых дескрипторах по процессам.

Она тебе покажет, кто сейчас работает с флешкой. Убей процесс (killall <имя процесса>) или заверши его как-нибудь нормально по возможности.
Затем можно уже отмонтировать флешку.

DAS>3) Почему произошла проблема и как защититься от нее в будущем?

Ну в данном случае это не особая проблемма, т.к. причиной были некорректные действия. Т.е. у тебя получилось, что
кто-то работал с флешкой: писал на нее, читал ее, а ты ее удалил из системы. Соответственно, появилась причина для разрушения файловой системы.