Сейчас у тебя наверно работает ХР загрузчик — он может. А lilo при загрузке пользуется ф-иями BIOS-а, а они ограничены до 1024-х цилиндров...
Сам я решаю этот вопрос просто — помещаю раздел с ядром в первые цилиндры.
Поищи этот вопрос на форумах linux.org.ru и linux.ru.net. — наверняка там найдешь ответ.