помочь не смогу, я тоже с этим столкнулся, правда я борюсь с этим так:
делаю ребилд DLL, от которой зависит EXE, после этого до студии "доходит" и она "обновляет" EXE и все нормально становиться.
Решение топорное, но времени разбираться подробнее как всегда нету.
Если у кого-то есть верное решение, был бы тоже благодарен ...
