V>1) Самая лучшая на мой взгляд Qt Creator, включая многоуровневые файлы проекта *.pro для сборки. Сам же Qt можно исключить настройками, если он не нужен. Последние версии в GNU/Linux можно скачивать вместе с инсталлятором Qt и устанавливать в папку /opt. С Windows думаю и так всё ясно.

Я вижу, что она платная. Какие там есть варианты для бесплатного использования ?
Дебагить там удобно/возможно с++ код ?

V>2) Самая универсальная на мой взгляд Geany, нужно немного настроить. Так то слабовата она для проектов, но есть один существенный плюс, можно писать на множестве языков. Если охота использовать C++ или другой язык как одиночный скрипт, то отличная штука. Запуск практически однообразный или его можно сделать таковым. Желательно немного подшаманить, чтобы сразу выводило встроенный терминал и прочие фишки.

Она бесплатная ?
Дебагить там удобно/возможно с++ код ?