ЗЫ Пока в батник просто полный путь запихал до diff'а, думаю, вряд ли кто-то ставит гит не в дефолтную локацию.
ЗЫЫ Какого-то чёрта patch ругается на несовместимые переводы строки. Ну вот как так? Почему нормально не сделать? И опций внятных не нашел на эту тему. Пока прикостылил при помощи конвертации патча и файла через dos2unix и потом unix2dos обратно, но это же изврат