Все мои проекты храняться на диске и в репозитории в таком виде:

Include
Project1
Project2
Project3
...
Source
Project1
Project2
Project3
...

Я использую VS6, но хочу перейти на NET. Проблема возникла с системой контроля версий. Так как заголовочные файлы находяться не в директории и поддиректориях проекта, новая студия отказывается использовать систему контроля версий для этих файлов. Возможно ли настроить студию или проекты так, чтобы сохранить старую структуру хранения проектов?