В идее проект и модуль это разные вещи. В проекте может быть куча модулей. Правда не проверял, можно ли добавить один модуль в несколько проектов, но, скорей всего, можно.

Тут проблема в том, что нынче это всё значения не имеет. Люди пользуются системами сборки вроде Maven, а проекты уже генерируются из них, а не вручную. Я даже не уверен, что это всегда правильно, но это так. И эти системы уже накладывают свои ограничения.