Здравствуйте, IID, Вы писали:

IID>Хочется иметь их полную локальную копию (т.е. submodules не годятся)
Как сабмодули мешают иметь полную локальную копию? Сабмодуль — это по сути обычный репозиторий, с ним можно работать как с обычным репозиторием.

IID>ВОПРОС:
IID>Как организовать вложенные репозитории, чтобы просматривать их историю независимо друг от друга и независимо от родительского репозитория ?
IID>Идеально если вложенные репозитории можно будет модифицировать и обновлять из их remote источника. Коммиты в remote не требуются.
Вроде бы сабмодули именно так и работают.
Заходишь в сабмодуль делаешь pull, потом идешь в родительский репозиторий делаешь stage/commit, чтобы сдвинуть указатель.
Можно итерироваться по сабмодлям и в цикле какие-то команды вызывать. Ну там забрать везде из remote по умолчанию и запушить всё на другой remote например.