D>Может yEd устроит.
D>Пишут что есть конвертор с dot файлов http://dl9obn.darc.de/programming/python/dottoxml/
D>Попробовал, 65000 нод он съел не поперхнувшись.

Попробовал я конверттор и сам yEd (64-bit) на графе из ~21k нод.
Да преобразовал, yEd потом это открыл, да можно поменять лайаутинг... но пользоваться этим невозможно. Тормозит даже на моем i7 E5960 Extreme Edition с 64Gb RAM.
Такое ощущение что он каждый раз даже при скролировании делает рендеринг вектора вместо того что бы скролить уже один раз отрендеренный битмап.
Экстортировать это в графический формат это тоже не получилось yEd выбросил исключение.