Здравствуйте, kaas, Вы писали:

Основное отличие в том, что в Debug програма работает медленнее, а в таком коде

Func1(...);
SendMessage(...); /*PostMessage*/
Func2(...);

В Debug к моменту вызова Func2 сообщение может быть уже обработано (хоть это и сучайность), а в Release нет.
Возможно пример не самый удачный, но основная проблемма это именно синхронизация кода, вдруг ставшего более быстрым.