AB>Сервер работает через webdav как я понимаю? Там с правами нигде путаницы нет? Что будет, если в консоли выгрузить рабочую копию не по http, а напрямую через file-путь к репозиторию (скажем, с рутовыми правами, чтобы точно права ни на что не повлияли)?

Да, обмен между рабочей копией и репозиторием через webdav. Права проставлены автоматом при создании репозитория.

В чем проблема, нашел. Все как здесь: http://aji.techshu.com/htaccess-svn/
Т.к. обмен происходил через webdav, а это надстройка над http, то apache обрабатывает и файлы .htaccess в корне сайта, рядом с которым лежит репозиторий. В .htaccess прописан ErrorDocument, который выдает страницу и ответ 200 на те uri, которых нет на сервере (а нового файла из рабочей копии у нас нет на сервере), и поэтому в ответ на метод PROPFIND выдается 200 ОК
В статье сказано, что они подключили конфиг для svn как альяс ДО конфига корня сайта, поэтому svn обрабатывался до .htaccess

<virtualhost 1.1.1.1:80>
 --
 --
 Alias /blahalah/svn "/complete-path/svn"
 <directory "/full document root path for the website/">
 --
 --
 </directory></virtualhost>

Я же поступил чуть иначе — закомментил ErrorDocument, т.к. сервер тестовый и не в открытом доступе.