N>Кстати, про отсутствие SCM (сразу не заметил) — это то, что надо исправить немедленно, на позавчера.

Ребята, насчет SCM отвечаю всем сразу. Не стал писать этого в исходном топике чтобы не засорять.
SCM нужна, полезна и т.п., согласен. Для этого проекта его нет, и достать неоткуда. Файлы linux/win идут параллельными путями, и даже разных версий. Так оно есть, и ничего поделать я тут не могу. О SCM я упомянул лишь для того, чтобы яснее обрисовать ситуацию.

Интерес топика — не в организации кода.
А только в том, как выделить diff между двумя последовательными версиями, после чего применить этот дифф к совершенно другой версии.