Здравствуйте, iAlexander, Вы писали:

A>Есть две версии одного и того же проекта, один для win, другой для linux. Различия между ними в с-коде не слишком сильные — багфиксы для конкретной ОС ( ), вставки платформозависимого кода и т.п. Исходный код, увы, не под SCM, а as is. Выполнен большой рефакторинг win-версии кода, изменения существенные, и повторять вручную те же самые действия с linux-версией не хочется.

Кстати, про отсутствие SCM (сразу не заметил) — это то, что надо исправить немедленно, на позавчера.
Собрать все известные версии и сложить их историю развития в репо.

Только после этого имеет смысл двигаться дальше, ну и всю разработку независимо от идей по мержингу принудительно загнать в SCM.