> Меня не очень устраивает насколько "тонко" XDE
> предлагает вносить изменения в БД, например при
> добавлении столбца в таблицу или при изменении
> типа существующего столбца, XDE предлагает
> пересоздать таблицу целиком.

У меня XDE 2003 for Java.
При добавлении столбца Data Modeler делает alter table add...
При удалении столбца — drop table/create table
При изменении типа или при переименовании столбца — drop table/create table
То есть, как с SQL 6.5

> Вопрос: существует ли возможность настроить
> DataModeler более "тонко" и избежать пересоздания
> таблиц (используя оператор ALTER TABLE)?

Нет.