Здравствуйте, Sinix, Вы писали:

S>Это by design, или можно как-то бороться?

можно перейти на кросплатформенную систему сборки(cmake, boost bjam и пр.), в которой скрипты сборки прописываются человеком — ручками, тогда проблем с мержем автогенерённого текста не будет.