Нужно сделать merge бранча в транк так чтобы:
1. Если файл есть и в бранче и в транке, то вместо транковского нужно полставить файл из бранча. Не мержить. Просто заменить.
2. Если файл есть в бранче, но нет в транке, то скопировать такой файл в транк.
3. Если файл есть в транке, но его нет в бранче, то удалить файл из транка.