Самый простой способ добиться желаемого, это использовать параметр variant_dir при вызове функции SConscript.
Обычная организация сборочных скриптов:
SConstruct — стартовый файл, обычно служит для установки глобальных пареметров билда (например variant_dir) и вызова нужных SConscript`ов. Обычно лежит в корне проекта.
SConscript — Сборочный скрипт(ы), который собирает проект.

Простейший пример содержимого файла SConstruct:
SConscript( 'SConscript', variant_dir = 'build', duplicate = False )

duplicate = False — чтобы исходные файлы не копировались в билд директорию.

Можно достичь тоже самого и с помощью функции VariantDir(), но это немного запутано и менее удобно ИМХО.