Уже давно не могу победиь проблему с появлением сообщения "Skipped missing target" при операции merge.
Появляется это сообщение в случае merge из транка в бранч, когда в бранче меняется структура папок. Например в транке изменился файл .\folder\file.txt, а в бранче до этого file.txt был перенесён корень, а папка folder была удалена.